除“金改案”外，陈水扁、吴淑珍等人还分别因“公务机要费”、龙潭购地、南港、洗钱等系列弊案(即台湾舆论所称“四大弊案”)被控贪污、洗钱等罪。2009年9月，台北地方法院一审判决陈水扁、吴淑珍无期徒刑，褫夺政治权利终身；2010年6月，台高等法院二审时改判2人有期徒刑20年，褫夺政治权利10年；2010年11月，台“最高法院”将龙潭案、陈敏薰涉买官案判陈水扁、吴淑珍17年6个月徒刑定谳，将“公务机要费”、南港、洗钱等案发回更审。

    2011年8月26日，台湾高等法院就陈水扁涉“公务机要费”、南港、洗钱等案作出更一审宣判，判决陈水扁、吴淑珍夫妇“公务机要费”案涉嫌贪污部分无罪，台特侦组对此于9月16日提起上诉。