1929年中东路事件后，前苏联将黑瞎子岛占领。1954年开始中国渔民不能再上岛。1964年2月23日，中苏两国开始就其归属问题进行谈判。但随着1969年中苏交恶，苏联开始往岛上移民。

    直到2004年10月俄罗斯总统普京访华，黑瞎子岛的问题才最终有了转机。

    根据中俄双方签署的《中华人民共和国和俄罗斯联邦关于中俄国界东段的补充协定》，俄罗斯将把占领的银龙岛的全部、黑瞎子岛的一部分领土，以及额尔古纳河上靠近内蒙古满洲里的阿巴该图洲渚，归还给中国。

    2005年4月，俄罗斯政府批准了这个补充协定。而此前一个月，我国全国人民代表大会常务委员会也通过了关于批准《中华人民共和国和俄罗斯联邦关于中俄国界东段的补充协定》的决定。

    至此，不仅黑瞎子岛的领土争议尘埃落定，中俄长达4300公里的边界也全部得到了确认。2008年10月，中俄两国政府在黑瞎子岛上举行了中俄国界东段界桩揭幕仪式。

    黑瞎子岛上的标志性建筑东正教堂。