检察机关指控宋军的第一项罪名：贪污罪。2006年10月至2008年6月间，宋军利用职务便利，将汇泉公司与台湾巴商振华海运股份有限公司(以下简称振华海运公司)的1180余万美元收入私自存放在Prudence公司账户中。其间，宋军共贪污Prudence账户中公款606.5万美元。

    宋军将上述605万美元兑换成人民币4620.24万元，其中，人民币3500余万元被宋军以其母亲郝某、弟弟宋某的名义在北京、天津、青岛购买了37套房产，另有人民币1000余万元被宋军用于买车等个人开支。案发后，检察机关扣押冻结涉案房产37套，从李某处追缴回人民币100万元。 

    检察机关指控宋军的第二项罪名是受贿罪。2006年9月，宋军以汇泉公司名义与邓某合伙购买Reliance船期间，向邓某提出，如果将来该船卖出，邓某应当把其所获净利润中的20%送给宋军用于处理关系，邓某同意。2007年9月，Reliance船卖出后，2007年11月7日，邓某按照事先约定将100万美元汇至Prudence账户。

    第三项罪名是妨害作证罪。2008年底至2009年6月，在公安机关进行立案侦查期间，宋军为避免其贪污、受贿犯罪被发现，与邓某、陈某、李某串通并提供给邓某、陈某虚假借条，指使邓某把宋军贪污、受贿的美元说成是邓某借给陈某的借款，并指使陈某把收到用于兑换人民币的美元说成是借邓某的钱，把兑换美元而支付的人民币说成是陈某自己的钱。